La estructura orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH) esta dividida en los siguientes niveles:
Dirección Superior
- Consejo Universitario
- Junta de Dirección Universitaria
Ejecutivo y Académico
- Rectoría
- Abogado General
- Secretaría General
- Secretaría Ejecutiva de Administración de Proyectos de Infraestructura
- Secretaría Ejecutiva de Administración y Finanzas
- Secretaría Ejecutiva de Desarrollo Institucional
- Dirección Ejecutiva de Gestión y Tecnología
- Dirección de Comunicación Estratégica
- Vicerrectoría Académica
- Vicerrectoría de Orientación y Asuntos Estudiantiles
- Vicerrectoría de Relaciones Internacionales
- Facultades
- Centros Regionales
Control
- Comisión de Control de Gestión
- Auditoría Interna
Cuerpo Auxiliar
- Dirección de Educación Superior
- Comisionado Universitario